Datenbanken für sequence listings?

S

Sequenzprotokollsucher

Guest
Ein frohes neues Jahr, liebes Forum!

Kennt sich irgendjemand von Euch mit Datenbanken für Sequenzprotokolle aus?

Auf der PSIPS-Seite des USPTO sind nur Protokolle ab 300 Seiten gespeichert, in der Datenbank der WIPO sind nur Publikationen mit Erscheinungsdatum ab 1997 enthalten.
Wie kann ich folglich die Protokolle entsprechender Schriften mit weniger als 300 Seiten und früherem Datum erhalten?

Bin für sachdienliche Hinweise sehr dankbar....
 
G

Gast999

Guest
Äh, stehe ich auf dem Schlauch. Die Sequenzprotokolle sind doch in der Anmeldung selbst enthalten. Die kannst Du doch einfach mit Espacenet aufrufen. Das EPA veröffentlicht übrigens "Monsteranmeldungen" mit Sequenzprotokollen oder Anmeldungen mit mehr als 300 Seiten ausschließlich elektronisch (in Espacenet).
 
I

immer noch suchend

Guest
Hallo Gast999,

Gast999 schrieb:
Äh, stehe ich auf dem Schlauch.
ich dann aber auch. Ich habe mir deswegen mal ein Beispiel herausgepickt: Z.B. finde ich unter http://v3.espacenet.com/textdes?CY=ep&LG=de&F=4&IDX=US6063763&DB=EPODOC&QPN=US6063763
den kompletten digitalisierten Text eines US-Patentes inklusive der in den Tabellen enthaltenen Informationen, aber das Sequenzprotokoll habe ich deswegen doch immer noch nicht, oder?
Aus dem Text kann ich mir zwar die einzelnen Sequenzen herausholen und in ein von mir erstelltes Sequenzprotokoll einfügen, aber speziell bei Tabellen (wie z.B. den Tabellen 1-3), die einander ergänzend DNA- und AS-Informationen enthalten, kann ich mir doch auf diese Art und Weise sehr langwierig ein vermutlich fehlerhaftes Protokoll zusammenbasteln.
Das würde doch erst mit einer Datenbank mit den entsprechenden in PatentIn erstellten txt-Dokumenten oder den in diesen enthaltenen Einträgen umgangen werden. Gibt's denn sowas nicht?
Oder sehe ich mal wieder den entscheidenden Punkt nicht?
 
G

Gast999

Guest
Also ich kenne keine solche Datenbank, aber warte mal ab, vielleicht schaut ja noch ein Chemiker o.ä. vorbei, der sich besser auskennt, ich bin nämlich keiner. Tut mir leid.
 
B

Bioinformatikerin

Guest
Hi,

vielleicht kann ich helfen. Leider kann ich mit dem Begriff Sequenzprotokoll nichts anfangen. Was brauchst Du denn genau ? Ein Tool was Dir DNA-Triplets in die entsprechende AS umwandelt oder Sequenzen für best. Proteine bzw. Gene die ev. in öffentlichen Datenbanken vorhanden sind ? Es gibt ziemlich viele derartige Datenbanken....Von Hand brauchts Du die Aminosäuren sicherlich nicht ergänzen :).

Gruß
Bioinformatikerin
 
S

Suchend

Guest
Hallo Bioinformatikerin,

bei einem Sequenzprotokoll handelt es sich um eine Auflistung der in einer biotech-Anmeldung enthaltenen AS-bzw. DNA/RNA-Sequenzen in einem bestimmten Dateiformat, die z.B. einer EP-Anmeldung beigefügt werden muss. Mehr dazu unter
http://www.european-patent-office.org/legal/guiapp1/d/ga_c_ii_5.htm
Kurze Sequenzen können in dem entsprechenden Generierungsprogramm (PatentIn) einfach per Hand eingegeben werden. Längere würde ich auch, genau wie Du vorgeschlagen hast, in den jeweiligen Datenbanken suchen und dann über copy & paste einfügen.
Mein Problem ist jetzt, dass ich ein Sequenzprotokoll zu erstellen habe, in dem z.B. jede Menge an Primern aufzuführen sind. Die, denke ich, finde ich ja nicht unbedingt in den Datenbanken. Sooo lang sind sie auch nicht, dass ich sie nicht doch noch irgendwann von Hand eintippen könnte. Aber da ich weiß, dass es für das US-Patent ein genau passendes Sequenzprotokoll geben muss, versuche ich gerade, herauszufinden, ob ich nicht irgendwie direkt an das herankommen kann.
Bin halt nur noch nicht fündig geworden.... Trotzdem danke.
 
G

Gast999

Guest
Ich habe mir das beim USPTO nochmal angesehen, also wenn die schon schreiben

"Shorter Sequence Listings (i.e., less than 300 pages) and smaller table sections (i.e., less than 200 contiguous pages) are accessible via the Patents- and Applications-On-The-Web home pages.",

dann kann ich mir nicht vorstellen, daß es da noch was geben soll.

Ach ja, eines noch. Bei EP-Anmeldungen kann man die Sequenzprotokolle auf CD anfordern:

http://www.european-patent-office.org/e_pub/mega/

Tja, dann viel Glück noch.
 
S

Suchend

Guest
Hallo Gast999,
Gast999 schrieb:
Ich habe mir das beim USPTO nochmal angesehen, also wenn die schon schreiben

"Shorter Sequence Listings (i.e., less than 300 pages) and smaller table sections (i.e., less than 200 contiguous pages) are accessible via the Patents- and Applications-On-The-Web home pages.",

dann kann ich mir nicht vorstellen, daß es da noch was geben soll.
Die Logik verstehe ich nicht ganz... Genau der Satz hat mich doch auf den Gedanken gebracht, meinen ersten Eintrag hier zu hinterlassen. Weil ich auf dem ganzen Gebiet noch Frischling bin, dachte ich, suche ich bislang an den falschen Stellen. Verstehe ich Dich richtig, dass Du sagst, dass es keinen weiteren Online-Zugang zu diesen Daten geben wird, WEIL sie schreiben, dass es andere Möglichkeiten gibt? Skurril...

Deinen EP-Link werde ich mir mal merken...
 
G

Gast999

Guest
http://www.uspto.gov/patft/index.html

Du kommst an die Daten der Anmeldungen mit kürzeren Sequenzprotokollen nur so elektronisch ran, wie an alle anderen Anmeldungen auch. So ist das gemeint. Das bedeutet, daß Du eben das Sequenzprotokoll eben nicht in der elektronischen Form bekommst, wie sie mit zum Beispiel PatentIn erstellt wird.

Da das USPTO für die Art der elektronischen Veröffentlichung verantwortlich ist, kann ich mir nicht vorstellen, daß sich jemand anderes die Mühre macht, zusätzlich eine Datanbank für die Sequenzprotokolle aufzubauen, die Du eben über PSIPS nicht erhältst.

Fazit: Für Anmeldungen mit kurzen Sequenzprotokollen steht dir das Sequenzprotokoll nur in der in der Anmeldung enthaltenen Form zur Verfügung und nicht anders.

Ich hoffe, jetzt ist es klarer.
 
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